Mốc Koji là một nhóm của chủng loài Aspergillus, đáng chú ý là Aspergillus oryzae, và sau đó là A. sojae, đã được nuôi cấy ở vùng Đông Á trong hàng thế kỷ. Chúng được sử dụng để làm lên men hỗn hợp đậu nành và bột mì để làm miso và xì dầu. Mốc Koji phân rã tinh bột trong gạo, đại mạch, khoai lang …,quy trình đó được gọi là thủy phân, ứng dụng trong sản xuất rượu sake, Shōchū và những loại rượi chưng cất khác. Mốc Koji cũngđược sử dụng để chế biến cá bào.

Gạo đỏ lên men là một sản phẩm của mốc Monascus Purpureus khi nó phát triển trên gạo, và khá phổ biến trong những khẩu phần ăn ở châu Á. Men có chứa vài hợp chất được biết là monacolin, được cho là có thể ngăn cản sự tổng hợp cholesterol.[10] Một nghiên cứu cho thấy rằng gạo đỏ lên men khi được sử dụng làm thực phẩm chức năng, kết hợp với dầu cá và thay đổi cách sống lành mạnh, có thể giúp giảm lượng cholesterol hiệu quả như một vài loại thuốc statin nhất định.[11]

Một số loại xúc xích, chẳng hạn như salami, kết hợp với việc cấy nấm mốc để làm tăng hương vị và giảm sự hình thành vi khuẩn trong suốt quá trình lên men.Vi dụ như Penicillium nalgiovense có thể xuất hiện dưới dạng một lớp phủ màu trắng dạng bột trên một số xúc xích lên men phơi khô.

Những loại mốc khác mà được sử dụng trong chế biến thức ăn bao gồm:

• Fusarium venenatum – quorn
• Geotrichum candidum – Pho mát
• Neurospora sitophila – oncom
• Penicillium spp. – Nhiều loại pho mát đa dạng như pho mat Brie và pho mát xanh
• Rhizomucor miehei – Enzym rennet để làm các loại pho mat chay và những loại pho mat khác.
• Rhizopus oligosporus – tempeh